La dimensión biológica del suelo conforma un elemento esencial para la fertilidad del suelo y el buen funcionamiento de los ecosistemas, siendo su mayor representante la biodiversidad, es decir, el conjunto de los diferentes tipos de seres vivos (bacterias, hongos, nemátodos, protozoos, ácaros, colémbolos, artrópodos, hormigas, lombrices, caracoles, babosas, insectos, etc.) que habitan en un ecosistema y forman una compleja y perfectamente coordinada red. En este caso, el suelo alberga la mayor variedad de organismos vivos del planeta, muchos de ellos desconocidos hasta ahora o imperceptibles al ojo humano.
Es evidente que entre esta diversidad se encuentran organismos patógenos y organismos beneficiosos. Centrándonos en los segundos, una propiedad importante para el funcionamiento del suelo llevada a cabo por microorganismos y hongos del suelo es la mineralización y humificación de la materia orgánica, la cual depende a su vez del pH, la temperatura, y la humedad.
Así, la mineralización consiste en la degradación de la materia orgánica hasta compuestos inorgánicos solubles que pueden ser utilizados por los cultivos para crecer y desarrollarse. La humificación, por su parte, es el proceso que provoca que la materia orgánica que no ha sido mineralizada forme otras moléculas orgánicas ricas en carbono con unas características muy específicas con un potente efecto beneficioso en el suelo, llamadas sustancias húmicas o humus.
Sin embargo, los beneficios no acaban ahí, pues muchos de estos organismos participan en otros procesos como los ciclos biogeoquímicos de los nutrientes, transportan fragmentos orgánicos y minerales favoreciendo la formación del complejo arcillo-húmico, mejoran la estructura, contribuyen a reducir la contaminación del suelo, etc.
Dada su relevancia, preservar la biodiversidad es esencial, por lo que debemos llevar a cabo unas buenas prácticas agrícolas que aseguren un aumento en el número y actividad de organismos beneficiosos para conseguir una mayor eficiencia en el reciclaje de nutrientes y materia orgánica, mayor control de la erosión y de la lixiviación, mejor estabilidad de los agregados del suelo, mejor cobertura del suelo, aporte de materia orgánica y una fertilización eficiente basada en analíticas de suelo.