El suelo alberga la mayor variedad de organismos vivos del planeta, muchos de ellos desconocidos hasta ahora o imperceptibles al ojo humano. Entre todos, establecen una enorme red que los interconecta y que hace posible la vida en La Tierra. A esta variedad se le llama biodiversidad y suele encontrarse en mayor proporción alrededor de las raíces de las plantas (rizosfera) albergando bacterias, hongos, nematodos, protozoos, ácaros, collembolos, artrópodos, hormigas, lombrices, caracoles, babosas, insectos, etc. Sin embargo, cada suelo tiene una red trófica diferente ya que cada uno presenta unas condiciones diferentes en cuanto a temperatura, acidez, humedad, nutrientes, climatología, etc., que posibilita la presencia de unos u otros.
Muchos de ellos causan enfermedades en las plantas, pero muchos otros son beneficiosos y necesarios para el correcto funcionamiento del ecosistema y para que se de la vida en nuestro planeta, ya que pueden ser protagonistas del ciclo biogeoquímico de nutrientes, transportan fragmentos orgánicos y minerales favoreciendo la formación del complejo arcillo-húmico y facilitando una buena estructura del suelo, mineralizan la materia orgánica y forman el humus, intervienen en la desintoxicación y bioremediación del suelo, fijan nitrógeno atmosférico y establecen relaciones de simbiosis con las raíces.

Un grupo importante dentro de las bacterias son las bacterias promotoras del crecimiento vegetal o PGPB (por sus siglas en inglés Plant Growth-Promoting Bacteria), que provocan beneficios importantes a la planta.
- Beneficios directos como la fijación de nitrógeno atmosférico, solubilización de fósforo y producción de fitohormonas como auxinas, giberelinas, citoquininas y etileno.
- Beneficios indirectos como la producción de sideróforos, enzimas líticas, antibióticos y otros metabolitos que le ayudan a lidiar con el estrés abiótico y biótico.
Como veremos más adelante, también son muy importantes las bacterias y hongos capaces de establecer relaciones de simbiosis con las raíces de las plantas.
Para preservar la biodiversidad del suelo es imprescindible llevar a cabo unas buenas prácticas agrícolas que aseguren un aumento en el número y actividad de organismos beneficiosos para conseguir una mayor eficiencia en el reciclaje de nutrientes y materia orgánica, mayor control de la erosión y de la lixiviación, mejor estabilidad de los agregados del suelo, mejor cobertura del suelo, aporte de materia orgánica y una fertilización eficiente basada en analíticas de suelo.
