Como ya hemos visto, la estructura del suelo es una propiedad física del suelo que hace referencia a la disposición y el estado de agregación de las partículas del suelo (arenas, limos y arcillas) y que es esencial para la correcta aireación y dinámica del agua en este ecosistema. Esto es así porque la formación de agregados determina la porosidad del suelo, permitiendo, además, un entorno favorable para la biodiversidad edáfica y favoreciendo la exploración de las raíces de las plantas.
Tal es su importancia, que la pérdida de la estructura provocada fundamentalmente por la disminución de la materia orgánica y la pérdida del volumen del suelo puede provocar problemas en el desarrollo de los cultivos por exceso o déficit de agua, falta de aire, susceptibilidad a enfermedades, baja actividad microbiológica (menor humificación y mineralización), menor desarrollo de las raíces, mayor susceptibilidad a la erosión y mayor pérdida de suelo.
Estas dos razones que conducen a la pérdida de la estructura tienen su explicación:
- La materia orgánica favorece la formación de micro y macroagregados debido a que los coloides orgánicos se unen con los minerales arcillosos presentes en el suelo y dan como resultado una mayor fuerza de adhesión y una mayor estabilidad de los agregados. Cuando disminuye esta proporción, disminuye la estabilidad, conduciendo a la pérdida de su estructura.
- La pérdida del volumen del suelo por el uso de maquinaria pesada o el paso de animales en su superficie provocan la compactación del suelo debido a la modificación de las proporciones entre el suelo, el espacio de agua y el espacio de aire.

Sin embargo, podemos considerar que el aporte de materia orgánica es el factor que más influye positivamente en la estructura al favorecer la formación de los agregados, mejorar la porosidad del suelo, disminuyendo la susceptibilidad a la erosión hídrica y eólica, la compactación y el encostramiento y mejorando la dinámica del agua en el suelo, es decir, influirá no solo en los parámetros físicos del suelo, si no también en los químicos y en los biológicos.
Por tanto, aunque las propiedades físicas del suelo, especialmente la estructura, parezcan tener una importancia secundaria para el correcto funcionamiento del ecosistema, es importante tener en cuenta que la estructura es, en sí misma, la base de todo al determinar el resto de las propiedades en conjunto. En este sentido, el aporte de materia orgánica es esencial para conseguir el equilibrio y favorecer la vida del suelo.
